Тоқтар Әубәкіров 1946 жылы 27 шілдеде Қарағанды облысы Қарқаралы ауданы 1 Май атындағы колхоз кентінде дүниеге келген. Оның есімі "тоқта" деген қазақ сөзінен шыққан. Мұндай атау қазақтар бұрын қайтыс болған нәрестелердің кезектерінен кейін немесе барлық бұрынғы нәрестелер тек қыздар болған кезде соңынан туған ер балаға берген. Тоқтар ата-анасында екі қыздан кейін бірінші бала болған. Ол арғын тайпасының Қарақесек руының Таз-Бұлбұл атынан шыққан.

1991 жылдың 2 қазанында Александр Волковпен (старт кезіндегі экипаж командирі) және австриялық ғарышкер Франц Фибекпен бірге "Союз ТМ-13" ғарыш кемесінің зерттеуші-ғарышкер, ретінде ғарышқа ұшырылды. Бір апта бойы "Мир" орбиталық кешенінің бортында жұмыс істеді. Ғарышта болу ұзақтығы 7 күн 22 сағат 13 минутты құрады. 1991 жылдың 10 қазанда Анатолий Арцебарскиймен (қону кезіндегі командир) және австриялық ғарышкер Франц Фибекпен бірге "Союз ТМ-12" ғарыш кемесінің бортындағы Жерге қайтып келді.

Тоқтар Әубәкіров ғарышқа ұшқан соң, Кеңес Одағының Батыры атағын ала отырып, ғарышқа жалғыз ұшқаны үшін Қазан төңкерісі орденімен марапатталды.

КСРО ыдырағаннан кейін Қазақстанда тұрады. Мемлекеттік қызметте жұмыс атқарады. 1992 жылғы сәуірден бастап - Қазақстан Республикасының қорғаныс жөніндегі мемлекеттік комитеті төрағасының бірінші орынбасары, Қазақстан Президентінің ғарышты игеру жөніндегі көмекшісі болып жұмыс атқарып келеді.