Ескі замандары түркі халықтарына жақын аймақта өмір сүрген моңғолдар халық саны жағынан да, мәдени тұрғыдан да көршілерінен әлдеқайда артта қалған болатын. Түркілер негізгі отандары саналатын бүгінгі Моңғолстан жерінен батысқа қарай көшкен сайын, моңғолдар оңтүстікке қарай ығысып осы топырақтарға иелік ете бастады. XII ғасырға дейін ұсақ тайпалық ғұмырдан әрі аса алмаған моңғолдар Шыңғысханның көш бастауымен тарих сахнасына үлкен өзгерістер енгізді.

Шыңғыс хан – моңғолдардың Қият тайпасынан шыққан. Түркі тілін білуіне байланысты кейбір кейінгі тарихшылардан оның түркі тайпасынан шыққандығын, отбасының кейіннен моңғолдармен сіңісіп кеткендігін айтатындар бар. Негізгі аты Тимучин еді. Әкесі Есугей тайпа көсемі болатын. Әкесі ерте қайтыс болады. Жақындарының қолдауы, батылдығы мен зеректігі арқылы айналадағы тайпалардың басын біріктіріп, Моңғолстанның ханы – Шыңғыс хан атанды. Шың – әмірші дегенді білдіреді. Ескі Ғұндардың әдісі бойынша әрбірі 10 мың адамнан тұратын түмендерден құралған орасан-зор әскер жасақтады. Ауыр шайқастардан кейін Қытайдың ел ордасы Пекинді бағындырды. Тарихтағы күшті династиялардың бірінің негізін салды. Ұрпақтары ХVІІ ғасырға дейін Қытайды биледі. 

Отырардың билеушісі Қайыр ханның моңғол саудагерлерін өлтіруі, одан кейін Харезмшахтың кешірім мен құн сұрап келген моңғол елшілерін өлтіруі Шыңғыс хан жорығына бастау болды. Шыңғыс хан 200 мың қолмен Орта Азия аумағына қарай беттеді. Қатігездікте Шыңғысханнан кем түспейтін Хорезм шахы жеңіліс тапты.

Моңғолдар басып алған қалаларын жермен жексен етті, халықты қырғынға ұшыратты. Шапқыншылық кезінде миллиондаған мұсылманның қаны төгілді. Тарихта теңдесі жоқ пәлекет болды. Шыңғыс хан 1227 жылы өлгеннен кейін Ираннан Қытайға дейін созылып жатқан иперияны 4 баласы бөліп алады. Жошыға Ертістен Орал тауына, одан оңтүстікке қарай Каспий теңізі мен Арал төңірегіне дейінгі жерлер, Орта Азиядағы иеліктерінен Солтүстік Хорезм мен Сырдария аймағы, Шағатайға Мауераннахр, Жетісу, Қашқария, Үгедейге Батыс Моңғолия мен Тарбағатай аймағы берілді. Төле әкесінің ұлысы Моңғолияны мұраға алды. Шыңғысханның немересі Хулагу 1258 жылы Бағдатты басып алып, Аббаси империясын құлатты. 800 мыңнан астам мұсылманды қырғынға ұшыратты. Сәлжүктерді де соғыстарда жеңіп тізе бүктірді. Бұдан кейін Сәлжүктер ұсақ бектіктерге бөлініп, моңғолдарға (Илхандар мемлекетіне) салық төлеп отырды. 

Әйтсе де осындай аласапыран кезеңде тарихта сирек кездесетін оқиға орын алды. Жаулаушылар жеңіліс тапқан мұсылмандардың мәдениетінен үлкен әсер алды. Алтын орданың ханы Берке хан Ислам дінін қабылдады. 1312 жылы Өзбек хан Алтын ордада Ислам дінін мемлекеттік дін деп жариялады. Илхандар патшасы 3-ші Илхан Текудер мұсылмандықты қабылдап есімін Ахмед деп өзгертті. Араларында буддисті, шаманы, христианы да бар моңғолдар жаппай ислам дінін қабылдап, жергілікті халыққа сіңісе берді. Ислам дініне көп қызмет етіп, мешіт медреселер салғызды. Моңғолдардың түркіленіп, мұсылмандықты қабылдауы түркі тарихының ең маңызды оқиғаларының бірі, түркі-ислам мәдениетінің жеңісі деуге болады. Моңғолстанның сыртындағы бүкіл моңғолдар ислам дінін қабылдап, жергілікті түркі халықтарына сіңісіп кетті.