Шымкент қаласының негізгі экологиялық проблемаларының бірі ол атмосфераның ластануы. Ауаны ластаушылар қала аумағында орналасқан ірі кәсіпорындар, автокөлік және қатты отында жұмыс істейтін қазандықтар болып табылады. 

Осы ретте үшінші мегаполисте  жыл басынан бері қоршаған ортаға зиян келтірген кәсіпорындарға 57 миллион теңгеден астам айыппұл салынды, 173 әкімшілік іс қозғалды. Сот 10 мекеменің жұмысын уақытша тоқтатқан.

Зауыттардың көбі индустриалды аймақта орналасқан. Олардың мұржасынан шыққан түтін арнайы сүзгіден өткізілмеген. Одан бөлек, сарқынды су құрамында зиянды қалдықтар табылған. Тіпті кейбірі ашық су көздерін ластапты.

Өндіріс орындарына жергілікті халықтың арызы бойынша тексеріс жүргізілген екен. Экологтар былтырғымен салыстырғанда заң бұзушылық дерегі жеті есеге артып отырғанын айтады.

Мамандардың айтуынша бүгінде 737 кәсіпкерлік нысанның санаты айқындалған. Қала экологиясын жақсартуда «Жасыл қала» ұлттық жоспары шеңберінде ірі өндіріс орындарының ауаны ластау деңгейін төмендететін жүйелі іс-шаралар бар. Шымкент қаласында бірінші санатқа жатқызылған кәсіпорындардың ауаға шығарындыларының басым бөлігі 4 мекемеге тиесілі. Олар – «Петро Қазақстан Ойл Продактс» ЖШС, «Шымкентцемент» АҚ, «3-Энергоорталық» АҚ және «Стандартцемент» ЖШС зауыты. Аталған кәсіпорындар ауаға шығатын қалдықтың көлемін жыл сайын төмендетіп отырады. Былтырғы жылы «Шымкентцемент» АҚ жалпы ауаға шығарындыларын 7 мың тоннадан 5 мың тоннаға, «Стандартцемент» 8 600 тоннадан 5 мың тоннаға дейін азайтқан.

 «Жасыл қала» ұлттық жобасы бойынша «Петро Қазақстан Ойл Продактс» ЖШС 2025 жылға дейін ауаға шығарындыларын 20 пайызға төмендетуге міндетті. Қазіргі уақытта тиісті жобалық құжаттамалар әзірленуде. Одан бөлек, аталған мекемелерге 2023 жылға дейін автоматтандырылған мониторинг жүйесін енгізу талабы қойылып отыр. Яғни, кәсіпорын аумағында негізгі ластау көздерінде шығындар көрсеткіштерін қадағалайтын және қоршаған ортаға эмиссиялардың мониторингін ақпараттық жүйеге енгізу бойынша жұмыстар қолға алынған.